Kompanija NVIDIA je objavila da je OpenACC programski standard omogućio Kineskim naučnicima da dramatično ubrzaju DNADist aplikaciju koja se koristi za istraživanje genoma u ranim stadijumima razvoja tretmana za genetička stanja kao je dovnov sindrom, hemofilija, fibroza ciste i druga oboljenja ćelija.
Korišćenjem CAPS enterprise OpenACC kompajlera, istraživači sa Shanghai Jia Tong univerziteta su ubrzali DNADist aplikaciju oko 16 puta na NVIDIA Tesla GPU baziranom sistemu dodavanjem samo četiri elementa poznatih pod imenom “direktive” samom kodu aplikacije.
DNADist, aplikacija koja konstruiše “matriks” udaljenosti kako bi se proučile genetske veze između različitih vrsta tokom istorije evolucije omogućava istraživačima da odvoje informacije iz sekvencijalnih DNA podataka tako što čitaju sekvence nukleotida, što može dovesti do boljeg razumevanja uzroka i mogućih terapija za ozbiljne genetske bolesti. Ubrzavanje DNADist aplikacije dozvoljava istraživačima da izučavaju dosta veći broj ulaznih podataka i dođu do informacija ranije.
OpenACC je programski standard za paralerno računarstvo koji koristi direktive, OpenACC je dizajniran da omogući milionima istraživača širom sveta lako korišćenje prednosti transformativne snage GPU računarstva. Omogućava najlakši način da korisnici koji imaju ili nemaju veliko znanje na polju paralernog programiranja ubrzaju svoje istraživanje u samo par sati koristeći poznate modele programiranja.
“Iznenađen sam koliko brzo i lako OpenACC otključava snagu GPU akceleracije kada je u pitanju DNADist, jedna od naših najkritičnijih aplikacija”, izjavio je Steve Pan, direktor projekta u Roche Pharma Global Informatics. “Potencijalni uticaj GPU-ova je neprocenjiv jer će naši proizvodi stići na tržište brže, čak i jedan dan može spasiti više života”.
“Pronalaženje značajnih informacija u velikoj kolekciji podataka DNA sekvenci zahteva sve više i više računarske snage”, izjavio je Sumit Gupta, stariji direktor Tesla poslovanja u kompaniji NVIDIA. “OpenACC omogućava istraživačima da brzo i lako iskoriste ogromne perfomanse GPU akceleratora kako bi analizirali čitave planine genomskih podataka. To dramatično skraćuje vreme koje je potrebno za izučavanje bioloških sistema i potencijalno vodi ka razvoju efektivnijih lekova sledeće generacije”.
Rastući broj istraživača i inženjera koristi OpenACC podržane kompajlere i hibridne CPU/GPU računarske sisteme kako bi ubrzali sve tipove aplikacija, uključujući aplikacije koje se bave CAD/CAM poslovima, procesiranjem slika, naukom materijala, molekularnom dinamikom, kvantnom hemijom i mnogim drugim. U velikom broju slučajeva korisnici prijavljuju ubrzanja čak do 5-10 puta sa samo par sati posla.Webinar na temu OpenACC-a i DNADist-a – 6. septembar 2012.
CAPS enterprise će omogućiti besplatan javni webinar u četvrtak, 6. septembra 2012. kako bi se učesnici obrazovali po pitanju najboljih upotreba i studija slučajeva kada je u pitanju OpenACC i saznali više detalja kada je u pitanju ubrzavanje DNADist aplikacije. Kako bi saznali više ili registrovali, molimo posetite https://www2.gotomeeting.com/register/668751466.
